Caramante, Martina (2009) Marcatori molecolari del DNA per la tracciabilita' nella filiera agroalimentare del pomodoro. [Tesi di dottorato] (Unpublished)

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L’applicazione delle tecniche dei marcatori molecolari per la tracciabilità nella filiera agro-alimentare rappresenta una nuova frontiera nell’ambito della tutela di prodotti di alta qualità. La tracciabilità, divenuta dal gennaio 2005 obbligatoria per tutte le aziende agro-alimentari, è definita come “la capacità di rintracciare e seguire un alimento, un mangime, un animale produttore di alimenti o una sostanza attraverso tutti gli stadi della produzione e della distribuzione” (Reg. CE 178/2002). Al fine di rispettare questa normativa, deve essere applicato un continuo controllo di tutte le fasi della catena produttiva, dalla raccolta del materiale in campo, alla valutazione della materia prima in ingresso, all’analisi del prodotto finale. A tale scopo si e' indagata la capacita' dei marcatori molecolari del DNA, SSR, SNP ed In/Del, per il controllo della filiera agro-alimentare del pomodoro, al fine di offrire una metodica sicura e rapida per la tracciabilità, tramite l’identificazione varietale del materiale fresco e la tracciabilità del prodotto finito. I dati generati hanno portato all’individuazione di un ridotto numero di loci SSR che ha permesso la discriminazione di tutte le varieta' ibride da industria e degli ecotipi di pomodoro campani in esame; sono state individuate le condizioni ottimali di estrazione e di amplificazione di DNA da matrice di pomodoro processata di tre differenti tipologie (polpa, pelato, pomodorino inscatolato) ed e' stato dimostrato che esiste un limite nelle dimensioni dei frammenti di DNA amplificabile quando proveniente da matrici alimentari complesse e che, nonostante l'elevato grado di degradazione dovuto ai processi produttivi, il DNA possiede frammenti lunghi abbastanza da permettere l'amplificazione di prodotti di peso molecolare superiore alle 150 bp. I profili allelici ottenuti mediante l'utilizzo dei loci SSR opportunamente selezionati sono stati, quindi, confrontati in tre diversi segmenti della filiera agroalimentare del pomodoro (foglia, bacca, prodotto finito) e sulla base dei risultati ottenuti e' stata dimostrata la fattibilita' dell'impiego dei marcatori SSR per gli studi di tracciabilita' di filiera e, in alcuni casi, per l'identificazione della materia prima con la quale il materiale processato monovarietale e' stato prodotto. Un ulteriore approccio adoperato per la caratterizzazione delle cultivar e degli ecotipi di pomodoro in esame, e' stato l'utilizzo di marcatori SNP ed In/Del, che nelle varieta' commerciali hanno mostrato di essere altamente polimorfici con elevato valore informativo. Negli ecotipi, invece, la maggior parte dei loci SNP ed In/Del e' risultata essere monomorfica ma il ridotto numero di loci polimorfici riscontrati ha comunque permesso la discriminazione della maggior parte delle accessioni in esame. L'analisi della struttura delle popolazioni dei genotipi analizzati mediante marcatori SNP mostra chiaramente che gli ecotipi campani sono geneticamente distinti dal restante materiale in analisi. Sulla base dei risultati ottenuti e dal confronto delle principali caratteristiche dei marcatori utilizzati per l'analisi delle varieta' commerciali e degli ecotipi di pomodoro campani, gli SSR hanno mostrato possedere un potere discriminante piu' elevato.

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