Core and variable components in prokaryotic genomes

Rocco, Francesco (2011) Core and variable components in prokaryotic genomes. [Tesi di dottorato] (Inedito)

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Abstract

Acinetobacter baumannii and Stenotrophomonas maltophilia are opportunistic pathogens responsable for several hospital-acquired infections. We performed Extensive comparative analyses were performed in silico to elucidate the cromosomal organization of both species, and identify core and variable genome component in each. In the case of S. maltophilia, the genomes of strains isolated from the blood of a cancer patient (K279a strain) and the poplar Populus trichocarpa (R551-3 strain) have been compared. The analyzed chromosomes exhibit extensive synteny and 3620 homologous genes are located at the same relative position in the two strains. However, the R551-3 and the K279a chromosomes vary significantly, as they contain 13% and 19% of specific DNAs sequences, respectively. This DNA fraction is largely represented by unrelated foreign DNA segments or genomic islands (GEIs), which vary in size from 3 to 70 kb. Similar work was done by comparing of the genomes of seven clinical isolates of A. baumannii. The analyzed DNAs also showed extensive synteny. We have identified 3068 conserved coding regions in all isolates, and 63 variable genomic loci containing GEIs ranging in size from 4 o 126 kb. GEIs found in A. baumannii and S. maltophilia GEIs are, except for some resistance islands, unrelated.

Tipologia di documento:Tesi di dottorato
Parole chiave:Bacterial chromosomes; Genomic islands; In silico analyses
Settori scientifico-disciplinari MIUR:Area 06 Scienze mediche > MED/07 MICROBIOLOGIA E MICROBIOLOGIA CLINICA
Coordinatori della Scuola di dottorato:
Coordinatore del Corso di dottoratoe-mail (se nota)
Nitsch, Lucionitsch@unina.it
Tutor della Scuola di dottorato:
Tutor del Corso di dottoratoe-mail (se nota)
Di Nocera, Pier Paolodinocera@unina.it
Stato del full text:Accessibile
Data:29 Novembre 2011
Numero di pagine:97
Istituzione:Università di Napoli Federico II
Dipartimento o Struttura:Biologia e patologia cellullare e molecolare "L. Califano"
Stato dell'Eprint:Inedito
Scuola di dottorato:Medicina molecolare
Denominazione del dottorato:Genetica e medicina molecolare
Ciclo di dottorato:24
Numero di sistema:8721
Depositato il:09 Dicembre 2011 13:29
Ultima modifica:29 Maggio 2012 12:53

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